Analiza mikromacierzy i klasyfikacja nowotworów

Quackenbush (wydanie z 8 czerwca) przedstawia kompleksowy przegląd technologii mikromacierzy w ramach zastosowań klinicznych, a także omawia pewne ograniczenia analizy molekularnej. Rozważenie nie wspomniane w przeglądzie jest takie, że proces pozyskiwania tkanek do analiz molekularnych może spowodować istotne zmiany w ekspresji genów, niezależnie od biologii choroby. Na przykład, stwierdziliśmy, że znaczące zmiany w czynnikach transkrypcyjnych występują po prostu w wyniku chirurgicznego wycięcia prostaty.2 Ci, którzy interpretują wyniki analiz molekularnych próbek chirurgicznych, powinni zdawać sobie sprawę, że takie zmiany występują szybko i mogą być związane z metodą tkanki. nabycie. Takie zmiany w ekspresji genów mogą być mylone z markerami nasilenia choroby lub odpowiedzi na leczenie. Rozważania te mają kluczowe znaczenie dla projektowania i analizy korelacji molekularnych w badaniach klinicznych, w szczególności w celu porównania próbek uzyskanych za pomocą odmiennych metod pobierania lub oceny próbek tkanek uzyskanych z różnych ośrodków chirurgicznych, w których nie można standaryzować metod obróbki pooperacyjnej. Optymalna adnotacja próbek powinna uwzględniać czynniki metodologiczne (np. Czas trwania niedokrwienia), które mogą zmieniać sygnatury ekspresji genów.
Daniel W. Lin, MD
University of Washington, Seattle, WA 98195
[email protected] washington.edu
Peter S. Nelson, MD
Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA 98109
2 Referencje1. Quackenbush J. Analiza mikromacierzy i klasyfikacja nowotworów. N Engl J Med 2006; 354: 2463-2472
Full Text Web of Science MedlineGoogle Scholar
2. Lin DW, Coleman IM, Hawley S, i in. Wpływ manipulacji chirurgicznej na ekspresję genów prostaty: implikacje dla korelacji molekularnych efektów leczenia i prognozy choroby. J Clin Oncol (w druku).
Google Scholar
Odpowiedź
Autor odpowiada: Lin i Nelson wskazują na ważny fakt: profilowanie transkrypcyjne przy użyciu analizy mikromacierzy lub innych technik jest wrażliwe na sposób, w jaki próbki są zbierane i obsługiwane, a manipulacja chirurgiczna może wpływać na to, co obserwujemy jako genetyczne. wzorce ekspresji. Jednak ten punkt wywołuje bardziej fundamentalną kwestię. Chociaż mówimy o ekspresji genów tak, jakby występowały in vivo, tak naprawdę mierzymy reprezentację RNA w tkankach ex vivo. Na ten pomiar mają wpływ zmiany w ekspresji genów, które wynikają z różnych czynników, w tym z manipulacji chirurgicznej, a także z czynników takich jak degradacja RNA i obecność zanieczyszczającej tkanki. Projekty mikromacierzy powinny rozpoczynać się od eksperymentalnego projektu, który minimalizuje potencjalne błędy i czynniki zakłócające oraz obejmuje protokoły do gromadzenia próbek o wysokiej jakości. Pomyślne projekty obejmują ścisłą współpracę chirurgów, patologów, koordynatorów klinicznych, biologów stołowych oraz naukowców zajmujących się badaniami statystycznymi i bioinformatycznymi w celu zapewnienia wysokiej jakości próbek, danych i analiz.
John Quackenbush, Ph.D.
Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA 02115
[email protected] harvard.edu
(3)
[więcej w: diabetolog radom, stomatolog dla dzieci, prześwietlenie zębów cena ]
[hasła pokrewne: dyżury aptek ostrów wlkp, kadex radom, liszaj rumieniowaty ]