Gorączka krwotoczna Marburga związana z wieloma liniami genetycznymi wirusa ad 5

Analiza najbardziej prawdopodobnych różnic w sekwencjach nukleotydów. Wykryto różnice między fragmentami genu VP35 wirusa Marburg, amplifikowano za pomocą RT-PCR z RNA wyekstrahowanego z próbek klinicznych lub izolatów wirusa od pacjentów z ogniska Durba (czerwony) i tych dostępnych dla izolatów referencyjnych (czarny). Oznaczenia sekwencji (np. 09DRC99may26) składają się z dwucyfrowego kodu przypadku (dla wybuchu Durba) lub skróconej nazwy (dla izolatów odniesienia), po którym następuje kod kraju (Demokratyczna Republika Konga [DRC], Niemcy [GER], Kenia [KEN] i Zimbabwe [ZIM]) oraz rok, miesiąc i dzień wystąpienia choroby. Dziewięć linii genetycznych wirusa Marburg, które zostały wykryte podczas wybuchu Durby, jest oznaczone od do 9 na prawym marginesie phylogramu. Pacjenci są reprezentowani przez pojedyncze sekwencje, ale identyczne wyniki uzyskano dla kolejnych próbek od trzech pacjentów i dla sekwencji oznaczonych bezpośrednio na próbkach klinicznych lub na izolatach hodowanych wirusa. Co więcej, identyczne wyniki uzyskano dla próbek podzielonych od czterech pacjentów, którzy zostali zsekwencjonowani niezależnie w dwóch uczestniczących laboratoriach (CDC i NICD). Izolaty od pacjentów w Durba, które były powiązane epidemiologicznie (wskazane w nawiasie), również dały identyczne sekwencje: 10DRC99 i 11DRC99 pochodziły odpowiednio od męża i żony; 06DRC99, 07DRC99 i 08DRC99 pochodziły od matki, babci i córki, odpowiednio; 23DRC00 pochodziło od syna pacjenta z podejrzeniem choroby, który prawdopodobnie również przekazał śmiertelną infekcję czterech innym osobom, w tym pielęgniarce, która była wujem pacjenta z izolatem 24DRC00; 31DRC00 i 33DRC00 pochodziły odpowiednio od męża i żony; a 27DRC00 i 29DRC00 pochodziły od braci. Wartości Bootstrap (uzyskane z analizy 500 pseudoreglików zbioru danych) są wskazane w każdym punkcie rozgałęzienia, w którym wartości przekraczają 50 procent. Sekwencje nukleotydowe określono dla zamplifikowanych fragmentów genów wirusa Marburg (numery dostępu GenBank od DQ466108 do DQ466195 i DQ447652). Analiza największej wiarygodności różnic sekwencji wykryta wśród fragmentów genów VP35 wirusa Marburg z różnych przypadków ujawniła, że co najmniej dziewięć linii genetycznych wirusa Marburg było w obiegu podczas wybuchu Durby. Te linie zostały oznaczone dla wygody od do 9, a liczby nie mają znaczenia taksonomicznego (rysunek 2). Analiza filogenetyczna danych sekwencji na fragmentach genów L dała te same dziewięć linii (wyniki nie pokazane). Genetyczną stabilność linii i powtarzalność wyników potwierdzają fakty, że identyczne wyniki uzyskano dla kolejnych próbek od trzech pacjentów i dla sekwencji określonych bezpośrednio z próbek klinicznych lub z hodowanych izolatów wirusa od wszystkich pacjentów. Co więcej, identyczne wyniki uzyskano dla próbek podzielonych od czterech pacjentów, którzy zostali zsekwencjonowani niezależnie w dwóch uczestniczących laboratoriach (CDC i NICD). Identyczne sekwencje znaleziono również w obrębie, ale nie w klastrach epidemiologicznie powiązanych pacjentów (Figura 2), chociaż istniała tendencja do pojawiania się tych samych linii wirusa w nieregularnych odstępach czasu podczas dwuletniego wybuchu.
Prezentacja kliniczna i przypadek śmiertelności
Tabela 3
[podobne: lekarz ginekolog endokrynolog, laserowe zamykanie naczynek poznań, stomatolog dla dzieci ]
[więcej w: polopiryna ulotka, apap extra ulotka, agora miraż ]